องค์การมหาชนจะต้องจ่ายค่าชดเชยให้แก่ผู้อำนวยการองค์การมหาชน หากองค์การมหาชนไม่ได้มีการกำหนดหลักเกณฑ์ในเรื่องดังกล่าวไว้ชัดเจน จะต้องเทียบเคียงใช้มาตรา 118 แห่ง พระราชบัญญัติคุ้มครองแรงงาน พ.ศ.2541 โดยถือเสมือนเป็นข้อบังคับขององค์การมหาชน
หากองค์การมหาชนมีกำหนดระยะเวลาในการจัดตั้งและยุบเลิกไว้ชัดเจน ในกรณีนี้ จะถือว่าเป็นการจ้างตามมาตรา 118 วรรค 3 ประกอบวรรค 4 ตามพระราชบัญญัติคุ้มครองแรงงาน พ.ศ. 2541 ซึ่งองค์การมหาชนไม่ต้องจ่ายค่าชดเชย (อ.ก.พ.ร.เกี่ยวกับการตีความและวินิจฉัยปัญหากฎหมายในการบริหารราชการแผ่นดิน)
ในกรณีที่ผู้อำนวยการองค์การมหาชน ไม่ผ่านการประเมินทำให้ต้องพ้นจากตำแหน่ง กรณีนี้ ไม่ต้องเทียบเคียงใช้มาตรา 118 แห่งพระราชบัญญัติคุ้มครองแรงงาน พ.ศ. 2541 ในการจ่ายค่าชดเชย